El Dr. Godoy es un antropólogo cultural que se basa en conocimientos de la biología evolutiva y la teoría económica para formular hipótesis sobre los efectos de la exposición al mercado, la globalización o la modernización en el bienestar y el uso de los recursos naturales de los pueblos indígenas. Colabora con antropólogos biológicos y culturales de la Universidad Northwestern, la Universidad de Georgia y la Universitat Autònoma de Barcelona en un estudio llamado Tsimane¿ Amazonian Panel Study (TAPS). El equipo de investigación lleva a cabo encuestas anuales en las que mide una amplia gama de indicadores socioeconómicos, demográficos, de salud y psicológicos.

Además de Bolivia y el estudio de la globalización, ha realizado y continúa realizando ensayos controlados aleatorios de una amplia gama de intervenciones entre nativos amazónicos en Bolivia.